Stasiun Jatinegara menjadi salah satu stasiun yang paling sibuk di Daerah Operasional 1 (Daop 1 Jakarta). Stasiun ini melayani perjalanan KRL relasi Bekasi-Jakarta Kota PP, Jatinegara-Bogor PP, serta KAJJ.

Jalur kereta Jatinegara jadi titik nadi pertemuan kereta api dari dan menuju Jakarta.