Populasi ikan sapu-sapu yang begitu besar di Jakarta dinilai dapat mengancam ekosistem perairan. Oleh karena itu, pemerintah DKI Jakarta melakukan pemusnahan ikan sapu-sapu agar tidak berdampak lebih luas bagi lingkungan.

Selain berdampak pada ekosistem perairan, konsumsi ikan sapu-sapu juga berbahaya bagi tubuh. Ini disebabkan oleh cemaran tinggi logam yang ada di tubuhnya. Konsumsi jangka panjang dapat meningkatkan risiko kanker.