Pemerintah melakukan pengawasan berlapis terhadap program Makan Bergizi Gratis (MBG). Tak hanya pada proses produksi menu makanan, tetapi juga turut mengawasi kondisi para penerima manfaat.
Pengawasan dalam hal ini yang dimaksud Menteri Kesehatan RI, Budi Gunadi Sadikin adalah pemerintah akan melakukan pemeriksaan berkala tiap 6 bulan sekali terhadap status gizi murid penerima MBG, seperti tinggi dan berat badan. Data tersebut juga untuk melengkapi Cek Kesehatan Gratis yang dilakukan pemerintah. Pengawasan gizi dimaksud untuk mengetahui efektivitas dari MBG.