Menko Polhukam Mahfud Md menyebut berdasarkan dokumen Pondok Pesantren Al-Zaytun dulu bernama yayasan Negara Islam Indonesia (NNI), lalu berubah menjadi yayasan pendidikan Al-Zaytun. Lebih lanjut, Mahfud meminta BNPT untuk mendalami keterkaitan NII dengan Ponpes Al-Zaytun.