Almarhum Ustaz Tengku Zulkarnain telah dimakamkan di Pemakaman Khusus Covid-19 yang berada di kawasan Palas, Rumbai, Pekanbaru, Riau. Sebelum dimakamkan, puluhan pelayat melakukan salat jenazah meski jazad eks Wasekjen MUI itu telah berada di atas mobil ambulans.