Isu separatisme di Papua dan Papua Barat diperkirakan masih menjadi tantangan pemerintah Indonesia di tahun 2021. Guru Besar Ilmu Intelijen Negara, Jenderal (Purn) AM Hendropriyono, memaparkan pola gerakan separatisme itu memanfaatkan kegiatan keagamaan di Gereja.