Draf RUU Sisdiknas tidak menyebut istilah madrasah dan satuan pendidikan lainnya seperti SD, SMP hingga SMA. RUU Sisdiknas juga hanya mengatur pendidikan keagamaan dalam pasal 32, sama sekali tak menyebut kata 'madrasah'.
Mendikbudristek Nadiem Makarim memberikan klarifikasi terkait alasan tidak masuknya istilah Madrasah hingga SMA dalam teks RUU Sisdiknas. Penamaan secara spesifik, seperti SD dan MI, SMP dan MTs, atau SMA, SMK, dan MA akan dipaparkan di bagian penjelasan, kata Nadiem.